Per tutti i bacini idrografici di rilievo regionale opera un'unica Autorità di bacino di rilievo regionale, già istituita con la legge regionale n.9/1993, e riorganizzata, a seguito delle disposizioni in materia di riordino delle funzioni delle Province, emanate con la legge regionale n.15/2015, in attuazione della legge n.56/2014.

Dopo un periodo di compartecipazione diretta delle Amministrazioni Provinciali alle attività dell'Autorità di Bacino, dal 1 luglio 2015, con l'attribuzione alla Regione, tra l'altro, delle funzioni della difesa del suolo, il nuovo assetto organizzativo dell'Autorità di bacino di rilievo regionale è costituito dai seguenti organi: il Consiglio regionale Assemblea Legislativa, la Giunta regionale ed il Comitato Tecnico di bacino.
Il Comitato tecnico di bacino, composto da rappresentanti degli uffici regionali e da esperti di elevato livello tecnico/scientifico competenti nelle materie attinenti la pianificazione di bacino, nonché dal Segretario Generale che lo presiede, è l'organo tecnico di consulenza dell'Autorità di bacino. In particolare è supporto alla Giunta regionale, nonché al Consiglio regionale Assemblea Legislativa, nella definizione dei criteri, indirizzi e metodi per l'elaborazione dei piani. Rientrano nelle sue competenze l'espressione di pareri sui piani e relative varianti, nonché pareri di compatibilità, rispetto ai piani e ai criteri, sugli interventi di sistemazione idraulica e geomorfologica, laddove la loro realizzazione implica modifica o aggiornamento alle cartografie dei piani vigenti.

Le funzioni di segreteria tecnica del CTB sono svolte dalle strutture regionali, Settore Assetto del Territorio ed i Settori Uffici territoriali di Genova, Savona e Imperia, La Spezia, che effettuano le attività istruttorie a supporto delle proposte di piano o delle relative varianti, supportano i lavori del CTB e degli organi politici e curano le attività connesse alla gestione dei piani vigenti.